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사부 성프란치스코는 죽음에 임박하여 간곡하고 전에 없이 엄하게 당부들을 하였지만 그는 자신이 또 하나의 회칙을 추가하고 있는 것이 아니라는 점을 분명히 하면서 하고 싶은 말을 마치고 그는 요한 복음의 수난기를 읽어 달라 하여 들은 뒤, 천사들의 인도로 형제들을 떠나 주님께로 옮겨갔다. 프란치스꼬는 1226년 10월 3일 저녁에 뽀르찌운꿀라에서 임종했다.
사부 성프란치스코의 지상에서의 마지막 장면을 재현하는 전이예식이 프란치스칸들에게 지금까지 이어오고 있다. 이것은 아버지를 떠나보내는 아들들이 아버지를 기억하며 행하는 사랑의 표현이다.

2년 뒤 1228년 7월 16일 교황 그레고리오 9세에 의해 시성되었다. 성 프란치스꼬의 유해는 성 지오르지오(Giorgio) 성당에 잠시 묻혔다가, 1230년에 지금의 프란치스꼬 대성당으로 이장되었다.